船员劳动合同纠纷可以在多个地方进行仲裁，具体如下：

一、合同约定的仲裁机构

如果船员与用人单位在劳动合同中明确约定了仲裁机构，那么双方应按照合同约定向该仲裁机构申请仲裁。例如，合同中可能约定由中国海事仲裁委员会进行仲裁，或者约定由某一特定地区的劳动仲裁机构进行仲裁。

二、劳动争议仲裁委员会

1. 用人单位所在地：船员可以向用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。用人单位所在地一般是指用人单位的注册地或者主要办事机构所在地。如果用人单位是一家航运公司，其注册地在上海，那么船员可以向上海的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

2. 劳动合同履行地：如果船员的工作地点比较明确，且与用人单位所在地不同，那么船员也可以向劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。例如，船员在广州的港口上船工作，虽然用人单位的注册地在北京，但船员可以向广州的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

三、中国海事仲裁委员会

对于涉及船员劳动合同的纠纷，中国海事仲裁委员会也具有管辖权。中国海事仲裁委员会是专门处理海事海商争议的仲裁机构，在处理船员劳动合同纠纷方面具有丰富的经验和专业的知识。如果船员与用人单位在劳动合同中约定由中国海事仲裁委员会进行仲裁，或者双方在纠纷发生后达成了向中国海事仲裁委员会申请仲裁的协议，那么可以向该委员会申请仲裁。

需要注意的是，在选择仲裁机构时，船员应考虑以下因素：

1. 仲裁机构的专业性和权威性：选择具有丰富经验和专业知识的仲裁机构，能够更好地保障船员的合法权益。

2. 仲裁机构的地理位置：选择距离自己较近或者便于参加仲裁程序的仲裁机构，能够减少交通和时间成本。

3. 仲裁机构的效率和公正性：了解仲裁机构的办案效率和公正性，选择能够及时、公正地处理纠纷的仲裁机构。