海船培训合格证书过期后的再有效申请方式如下：

1. 过期 1 年内：

• 完成规定的知识更新培训并通过考核，可以申请办理证书再有效。知识更新培训通常由具备资质的培训机构开展，培训内容会根据不同的培训合格证书项目有所不同，主要是对相关法规、操作技能、安全知识等方面的更新和强化学习。

• 培训完成后，培训机构会组织考核，考核通过后即可向海事管理机构申请证书再有效。申请时一般需通过海事一网通办平台或海员电子申报系统进行。

2. 过期 1 年及以上：应重新参加培训并通过考试。重新培训的内容与初次培训相似，但可能会根据最新的法规和行业要求有所调整。考试则是对培训内容的全面检验，只有考试合格，才能重新获得海船培训合格证书。