海员健康证到期后，在特定条件下有一定的延期规定。如果船舶在航行过程中船员健康证到期，在到达下一个有《1978 年海员培训、发证和值班标准国际公约》缔约国认可的主检医师的停靠港之前，该健康证仍然有效，但有效期不得超过 3 个月。在紧急情况下，海事管理机构可允许持有近日过期的健康证的海船船员工作至下一个具有缔约国认可从业医生的港口，许可的期限同样不得超过 3 个月。

如果不是在航行过程中健康证到期，那么船员不能在船上继续工作。发现健康证过期仍在船上工作，海事管理机构会对船舶的所有人、经营人或者管理人以及责任船员进行处罚。