无限航区的三副三管轮一直在国内船上见习，通常不影响换甲类证书。根据《中华人民共和国海船船员适任考试和发证规则》，三副三管轮的见习需要在与拟申请的适任证书等级相应的船舶上进行，对航区没有限制。也就是说，如果通过了无限航区相应等级船舶的三副或三管轮适任考试，可以在无限或者沿海航区的相应等级船舶上见习。

不过，如果全部在非运输船（如拖轮等）上完成见习，可能会影响换运输船的三副或三管轮适任证书。另外，如果在见习过程中没有按照规定完成相应的见习任务、填写见习记录簿等，也可能会对换证产生影响。