船员合格证在船上过期后的处理方式如下：

1. 过期时间在 1 年内：

• 知识更新并考核：在失效 1 年内，船员需要完成规定的知识更新培训，并通过相关考核。知识更新培训的内容是针对合格证所涉及的专业知识和技能的最新要求、法规变化等进行学习和培训。通过考核后，可以办理培训合格证的再有效。再有效后培训合格证有效期自通过知识更新培训考核之日起算。

2. 过期时间达到或超过 1 年：培训合格证失效 1 年及以上者，应重新参加培训并通过考试，才能重新获得有效的船员合格证。

船员应及时关注自己的合格证有效期，提前做好换证或知识更新的准备，以免影响正常的船上工作。具体的要求和流程可能因地区和具体的合格证类型略有差异，建议咨询当地的海事管理机构或相关的培训机构以获取最准确的信息。