船长证书的扣分清零时间一般是一个自然年。记分周期为每年 1 月 1 日始至 12 月 31 日止。在一个记分周期内，若累计记分未达到规定的分值上限，且没有未处理完的行政处罚等情况，到了下一个记分周期，记分将重新开始计算，即清零。

例如，如果船长在 2023 年 5 月因某些违规行为被记分，在 2023 年 12 月 31 日前记分未达到上限且相关处罚已处理完毕，那么从 2024 年 1 月 1 日起，记分将清零，重新开始计算。需要注意的是，不同地区的具体规定可能会有细微差别，但总体上遵循这样的记分周期原则。