如果船长证书被海事扣证，可以按照以下步骤进行处理：
了解扣证原因：
主动联系海事管理机构，询问清楚扣证的具体原因和依据。常见的扣证原因可能包括船舶安全问题、违反航行规定、船员管理问题、船舶证书文书不齐全或不符合要求、环境污染等方面的违规行为。例如，船舶未按规定配备消防设备、超航区航行、船员未持有有效健康证明、未按规定处理船舶垃圾等都可能导致船长证书被暂扣。
积极配合调查：
按照海事管理机构的要求，积极配合相关的调查工作。如实提供船舶的相关文件、记录、报告等资料，以及对事件的详细说明和解释。如果涉及到事故或纠纷，要配合海事部门进行现场勘查、询问笔录等程序。
整改违规问题：
针对扣证原因中指出的违规问题，及时采取措施进行整改。例如，如果是船舶安全设备不达标，要尽快修复或更换设备；如果是船员管理方面的问题，要加强对船员的培训和管理；如果是证书文书方面的问题，要及时办理或更新相关证件。
申请行政复议或提起行政诉讼（如有必要）：
如果船长对海事管理机构的扣证行为有异议，认为其存在执法不当、证据不足或程序违法等问题，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。申请行政复议需要向作出扣证决定的海事管理机构的上级机关提出，行政诉讼则需要向有管辖权的人民法院提起。在申请复议或诉讼时，要准备好相关的证据和材料，以支持自己的主张。
参加培训学习（如果要求）：
在某些情况下，海事管理机构可能会要求船长参加相关的培训学习或考试，以提高其业务水平和安全意识。船长要按照要求参加培训，并通过考试或考核，以满足重新获得证书的条件。
等待处理结果：
在完成上述步骤后，耐心等待海事管理机构的处理结果。处理时间可能会根据具体情况而有所不同，船长可以定期与海事管理机构沟通，了解处理进度。如果整改措施到位、符合相关要求，海事管理机构会在规定的时间内返还船长证书。
