海员体检中，以下疾病通常不能通过：
传染病类：
病毒性肝炎：急性病毒性肝炎、慢性活动性肝炎等不能通过。乙肝病毒携带者如果肝功能正常，一般可以通过，但如果肝功能异常则不行。
肺结核：处于活动期的肺结核是不被允许的，因为肺结核可通过呼吸道传播，在船上相对封闭的环境中容易造成传播。
伤寒、副伤寒、霍乱、细菌性痢疾：这些肠道传染病在活动期会影响海员的健康和船上的公共卫生安全。
艾滋病、淋病、梅毒等性病：这些疾病严重影响海员的身体健康，并且可能会对船上的其他人员造成潜在威胁。
心血管系统疾病：
各种器质性心脏病伴心功能不全：如严重风湿性瓣膜心脏病、心肌病等导致心脏功能下降，无法承受海上工作的压力和劳累。
冠心病不稳定型心绞痛、心肌梗塞、急性心肌炎：这些心脏疾病随时可能发作，严重威胁海员的生命安全。
严重的心律失常：例如病态窦房结综合症、Ⅱ 度 Ⅱ 型及 Ⅲ 度房室传导阻滞、频发房性或室性过早搏动（＞5 次／分）、室性早搏成对出现、多源性室性早搏、各种类型室性心动过速、心房扑动或心房颤动等。
呼吸系统疾病：
支气管哮喘反复发作：哮喘发作时会导致呼吸困难，在海上可能因无法及时得到有效治疗而危及生命。
支气管扩张反复咯血：反复咯血会影响海员的身体健康，也不适合海上工作。
反复发作的自发性气胸及各种原因引起的肺功能不全：肺功能不全使海员无法适应海上的工作环境和应对可能的紧急情况。
消化系统疾病：
消化道溃疡合并出血、穿孔、梗阻：这些情况会导致严重的腹痛、出血等症状，影响海员的工作和健康。
肝硬化失代偿期或合并食道静脉曲张：肝脏功能严重受损，容易出现并发症，如消化道出血等。
胆囊炎、胆石症并反复发生胆绞痛：胆绞痛发作时疼痛剧烈，需要及时治疗，不适合在海上工作。
泌尿系统疾病：
急慢性肾炎、肾病综合症、肾功能不全：肾脏功能异常会影响身体的代谢和排泄功能，无法适应海上的工作环境。
尿路结石并反复发生肾绞痛：肾绞痛发作时疼痛难忍，会影响海员的工作和生活。
血液系统疾病：
各种出血性疾病：如血友病等，容易出现出血不止的情况，在海上可能因无法及时治疗而危及生命。
严重贫血：一般认为血红蛋白（Hb）低于 8g/dL 为严重贫血，身体的氧气供应不足，无法承受海上工作的劳累。
粒细胞缺乏症：会导致身体的免疫力下降，容易感染疾病。
内分泌代谢系统疾病：
甲状腺机能亢进或减退，且使用药物控制不良者：甲状腺功能异常会影响身体的代谢和生理功能，药物控制不良时可能会出现症状加重等情况。
糖尿病血糖控制不良，或有严重并发症者：糖尿病患者需要严格控制血糖，否则可能会出现各种并发症，影响身体健康。
神经、精神系统疾病：
癫痫：癫痫发作具有突然性和不可预测性，在海上发作可能会导致危险。
各种类型精神病：如精神分裂症、抑郁症、焦虑症等，精神疾病患者可能无法正常应对海上的工作压力和生活环境。
夜游症：夜游症患者在睡眠中会无意识地活动，可能会对自己和他人造成伤害。
其他疾病：
恶性肿瘤未治愈者：癌症患者身体状况较差，需要进行治疗和休息，不适合海上工作。
严重的肢体残疾或者功能障碍：如双下肢不等长超过 2cm、脊柱侧变超过 4cm 并有后凸畸形等，会影响海员的工作能力和行动能力。
眼睛疾病：如色盲、夜盲症、视网膜疾病等影响视力的疾病，可能会影响海员的工作安全，尤其是对于需要良好视力的岗位，如船长、驾驶员及值班水手等。
听力障碍：听力不好会影响海员在船上的沟通和对各种声音信号的接收，如在不戴任何助听器和无视觉辅助时，两耳不能分别听清距离五十厘米的机械秒表声者，通常不能通过体检。
