海船船员培训合格证不是长期有效的。其有效期根据培训项目的不同而有所差异：
专业技能适任培训合格证中的部分项目：
如基本安全培训合格证（Z01）、精通救生艇筏和救助艇培训合格证（Z02）、高级消防培训合格证（Z04）等有效期为 5 年。到期换证需要参加知识更新培训和考核。
其他一些专业技能适任培训合格证，如船舶保安意识培训合格证（Z07）、负有指定保安职责船员培训合格证（Z08）等为长期有效，但有效期的截止日期不超过持证人 65 周岁生日。
特殊培训合格证：
大部分特殊培训合格证有效期为 5 年，如油船、化学品船、液化气船等特殊培训合格证（T01、T02、T03 等）。换证需要在证书有效期截止日期前 5 年内具有不少于 12 个月相应种类船舶上任职的海上服务资历和合格的任职表现，或完成规定的知识更新并通过考核。
其中高速船船员特殊培训合格证有效期为 2 年，再有效需在证书有效期截止日期前 2 年内具有不少于 6 个月的相应类型的高速船上任职的海上服务资历和合格的任职表现，或完成规定的知识更新并通过考核。
如果培训合格证失效，在失效 1 年内完成规定的知识更新并通过考核，可以办理培训合格证的再有效；失效 1 年及以上者应重新参加培训并通过考试。
