海船船员健康证明有效期有如下规定：

1. 一般情况下：有效期不超过 2 年；

2. 对于年龄小于 18 周岁的海船船员：健康证明有效期不超过 1 年；

3. 有效期截止日期：不超过持证人 65 周岁生日。

在航行途中健康证明有效期期满的，在到达下一个有《1978 年海员培训、发证和值班标准国际公约》缔约国认可的主检医师的停靠港之前，该健康证明仍然有效，但为期不得超过 3 个月。在紧急情况下，海事管理机构可允许持有近日过期的健康证明的海船船员工作至下一个具有缔约国认可的主检医师的港口，期限同样不得超过 3 个月。