持二副证书实际担任三副时，是否可以填写二副资历需要分情况来看：
配员证书只配三副，不配二副的情况：这种属于 “高配” 情况，是符合规定的，可以填写二副资历。因为船舶的实际配员情况可能因各种因素与配员证书的要求不完全一致，但只要满足安全和运营的要求，这种高配的情况是被允许的。
配员证书既配三副，也配二副的情况：这种情况下不可以填写二副资历。因为一艘船上通常不会同时配备两个二副（这里主要指的是国内沿海的情况），如果填写二副资历会造成船上职务记录的混乱和矛盾。
总之，具体的填写方式要根据船舶的实际配员情况和相关规定来确定，不能一概而论。
