船员证书过期后的处理方法需根据证书类型和过期时间长短来确定，以下是常见的几种情况及处理方式：

1. 海船船员适任证书：

• 过期 3 个月内：可以在适任证书有效期届满前 12 个月内或者届满后 3 个月内向有相应管理权限的海事管理机构申请适任证书再有效。申请时需满足一定的资历要求，如从申请之日起向前计算 5 年内具有与其适任证书所记载范围相应的不少于 12 个月的海上服务资历，且任职表现和安全记录良好；其中无限航区的船员不少于 6 个月是在无限航区的船舶上任职，船长、轮机长担任大副、大管轮或者二副、二管轮担任三副、三管轮的可以作为原职务适任证书再有效的海上任职资历。

• 过期 3 个月及以上 5 年以下：应参加模拟器培训和知识更新培训，并通过相应的抽查项目的评估。

• 过期 5 年及以上 10 年以下：需要参加模拟器培训和知识更新培训，并通过相应的抽查科目的理论考试和项目的评估。

• 过期 10 年及以上：应当参加模拟器培训和知识更新培训，通过相应的抽查科目的理论考试和项目的评估，并在适任证书记载的相应航区等级范围内完成不少于 3 个月的船上见习。

2. 海船船员健康证书：

• 健康证书有效期满的，海船船员应重新申请健康证书。若健康证书在航行中有效期期满，在到达下一个有缔约国认可的从业医生的停靠港之前该健康证书仍然有效，但为期不得超过 3 个月。

3. 海员证：重新去海事局采集信息后可网上申请新版海员证。前提是要查看合格证里面的小证是否过期（如基本安全、精通救生艇筏和救助艇、高级消防、客船船员特殊培训等）。若小证过期不超过一年的，可以参加更新培训；过期超过一年的，则要重新培训这些小证，然后办理新的合格证，在合格证有效期内才可以申请新版海员证。

4. 渔业船员证书：

• 有效期内的渔业船员证书损坏或丢失的，应当凭损坏的证书原件或在原发证机关所在地报纸刊登的遗失声明，向原发证机关申请补发。补发的渔业船员证书有效期应当与原证书有效期一致。

无论哪种船员证书过期，建议及时联系当地的海事管理机构或相关发证部门，了解具体的补办流程和要求，并尽快办理相关手续，以免影响正常的海上工作。