船舶代理公司的收费标准通常因多种因素而异，主要包括以下几种常见的收费方式：
基本代理费：
按船舶吨位或马力计收：这是较为常见的一种计算方式。一般来说，船舶每登记净吨（拖轮每马力）收费若干元，例如有的标准为 0.8 元左右，进出口各收一次。如果船舶吨位不足规定的最低吨位，通常会按最低吨位标准收费，比如不足 500 吨按 500 吨计收。对于一些特殊船舶，如科研船、工程船（包括钻井平台）及其辅助船舶，除进出口各收一次外，进口一个月以后，每月还会加收一定费用，例如每月加收 1000 元。
按装卸货物吨数计收：根据装卸货物的吨数来计算代理费。不同的货物类型和吨数范围，收费标准会有所不同。例如，对于件杂货（非整船散货），可能每吨收费 3 元左右；对于整船散货，会根据吨数划分不同的收费区间，比如 1 - 30,000 吨、30,001 - 60,000 吨等，超出不同吨位范围的部分收费标准会逐渐降低，如 30,001 - 60,000 吨（超过 3 万吨的部分）的收费标准会低于 1 - 30,000 吨的收费标准。
按装卸集装箱计收：以集装箱为单位进行收费，区分空箱和重箱。空箱的收费相对较低，例如每箱 40 元左右；重箱的收费则根据尺寸有所差异，20 尺的重箱每箱收费 80 元左右，40 尺的重箱每箱收费 100 元左右。如果集装箱带有底盘车，每箱还会加收一定金额，比如 16.5 元。
按旅客人数计收：如果是客船或旅游船，按上下旅客人数或旅游客人数收费，例如每人收费 12 元左右，并且每艘次可能有最低收费标准，如 1200 元。
手续费：
组织货载、洽订舱位：按照运费总额（包括各类附加费）的一定比例计收，通常为 5% 左右。
代算、代收运费：一般按运费总额（包括各类附加费）的 0.75% 计收，如果是代理公司揽货订舱的业务，则可能免收该项费用。
代售国际海运客票：按票价的一定比例收取手续费，比例通常为 5%。
洽办船舶买卖交接：船舶买卖时，按售价的 1% 向卖方计收；船舶交接时，每船向委托双方各收取一定费用，如 2970 元左右。
洽办租船及期租船交接：期租船按租金、程租船按运费总额的一定比例（如 5%）向出租方计收；期租船交接，每次向委托双方收费 1500 元左右。
办理船舶滞期费与速遣费的计算与结算：按每航次滞期费或速遣费金额的一定比例（如 5%）向收入方计收。
洽办海事、海商事故处理：按每实际工作小时收取一定费用，例如 100 元，但如果有其他约定则除外。
办理集装箱管理及租、还箱交接：按照代理公司与各有关公司的协议规定计收。
洽办船舶修理：船舶航次修理和经代理公司洽办安排入坞修理，除正常收取船舶、货物等单项业务代理费外，均按修理费的 1% 收取手续费，航次修理每航次可能有最低收费。对于自行洽办安排入坞修理，但委托代理公司办理船舶在港修理期间相关业务，并且在港修理时间超过三个月的，从第四个月起每月加收一定的船舶修理服务费。
其他费用：其他一些特殊服务或额外产生的费用，由代理公司根据具体情况酌定，例如加急办理某些手续、特殊文件处理等可能会产生额外费用。
需要注意的是，不同的船舶代理公司可能会根据自身的运营成本、市场竞争情况、服务质量等因素，在上述收费标准的基础上有所浮动。同时，国际航线和国内航线的收费标准也可能存在较大差异。在选择船舶代理公司时，船东或货主应明确了解其收费标准和服务内容，以避免产生不必要的费用纠纷。
