恶劣天气对船舶航次计划影响显著。强风可能使船舶航速降低、偏离预定航线，甚至危及船舶稳性，造成货物移位、船舶倾斜；暴雨会影响视线，增加瞭望难度；大雾导致能见度极低，迫使船舶减速、抛锚停航，延误航行时间。像台风来袭路径附近海域，船舶必须提前改变航线绕避，远离风暴中心，这可能会大幅增加航程。
应对时，航次计划制定前，密切关注气象预报，提前知晓恶劣天气的发生时间、范围、强度，调整航线避开高危区域。航行中，如遭遇突发恶劣天气，船长应根据应急预案，迅速下达指令，如减速慢行、调整航向、加固货物、启动防风雨设备等，同时及时向公司、附近船舶及海岸电台报告船舶动态，以便获取援助与协调避让。
