压载水携带的微小生物一旦进入新海域，危害诸多。浮游藻类大量引入可能引发藻华，疯长的藻类消耗水中大量氧气，造成缺氧环境，致使鱼类、贝类等窒息死亡；一些外来的小型滤食性生物，与本地物种竞争食物资源，改变食物链结构，使本地物种食物匮乏；还有寄生性微生物，可能感染本地海洋生物，削弱其生存能力、降低繁殖率，从生产者、消费者到分解者各个生态环节，这些外来微小生物都在打破原有平衡，重塑海洋生态面貌。
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