海底环境破坏：船舶垃圾的不当排放，如固体垃圾的倾倒，会对海底环境造成破坏。例如，大量的金属、塑料等垃圾堆积在海底，会掩埋海底的珊瑚礁、海草床等生物栖息地，影响依赖这些栖息地生存的海洋生物的生存和繁殖。

近岸生态系统破坏：在近岸海域，船舶垃圾的污染尤为严重。近岸是许多海洋生物的繁殖场所和幼体的栖息地，如贝类、蟹类等。如果受到船舶垃圾的污染，会破坏这些生物的繁殖和生长环境，导致近岸生态系统的退化。

物理伤害：船舶垃圾中的玻璃碎片、废弃渔具（如渔网、渔线）等可能会对海洋生物造成物理伤害。例如，废弃渔网在水中漂浮或缠绕在珊瑚礁上，会使鱼类、海龟等海洋生物被缠住，导致它们受伤甚至死亡。一些海洋哺乳动物如海豹、海象等也可能会被废弃渔具缠住，影响其游动、觅食和繁殖。

化学伤害：含油垃圾是造成化学伤害的主要来源。当船舶非法排放含油污水或油泥泄漏时，油类会在海面上形成油膜。油膜会覆盖在海洋生物体表，影响它们的呼吸和渗透压调节功能。对于鱼类来说，油类中的有害物质还可能通过鳃部进入体内，损害其内脏器官。此外，船舶垃圾中的重金属（如电池等有毒有害物质垃圾中的汞、镉、铅）进入水体后，会在海洋生物体内富集，随着食物链的传递，对处于食物链顶端的生物造成更严重的危害。

生物伤害：食品废弃物和生活废弃物等垃圾如果在海洋中大量堆积，会为有害微生物提供良好的生存环境，导致微生物大量繁殖。这些微生物可能会引起海洋生物的疾病，如赤潮生物的大量繁殖，会使水体缺氧，造成鱼类等生物的窒息死亡。

对海洋生物的直接伤害

对海洋生物栖息地的破坏

富营养化：食品废弃物和生活废弃物中的有机物质在水中分解时，会释放出大量的营养物质，如氮、磷等。这些营养物质会导致水体富营养化，促进藻类等浮游生物的过度生长，使水体透明度降低，影响水下植物的光合作用。同时，藻类的大量繁殖和死亡分解过程会消耗水中的氧气，导致水体缺氧，引发鱼类等水生动物的死亡。

化学污染：含油垃圾中的油类物质和有毒有害物质垃圾中的重金属等进入水体后，会改变水体的化学性质。油类物质会降低水体的溶解氧含量，重金属会在水中长期存在，难以自然降解。这些化学污染物会影响水生生物的生存环境，并且通过食物链的传递，可能会对人类的健康产生潜在威胁。

焚烧垃圾产生的污染：船舶焚烧垃圾时，如果没有配备有效的废气处理设施，会产生大量的有害气体，如二氧化硫、氮氧化物、颗粒物和二噁英等。这些有害气体排放到大气中，会降低空气质量，对周边的海洋环境和沿海地区的空气质量产生负面影响。特别是在港口附近，船舶焚烧垃圾产生的有害气体可能会对港口工作人员和附近居民的健康造成危害。