船舶国籍对船舶在他国港口的税收政策有显著影响，主要体现在以下几个方面：
优惠税率：一些国家之间签订了含有相互给予船舶税费最惠国待遇条款的条约或者协定。如果船舶所属国与港口所在国签订了此类协定，那么该船舶在进入港口国时通常可以适用优惠税率。如中国对船籍国（地区）与中国签订含有相互给予船舶税费最惠国待遇条款的条约或者协定的应税船舶，适用优惠税率，利比里亚共和国籍的应税船舶在 2024 年 12 月 11 日至 2029 年 12 月 10 日期间进入中国港口也适用船舶吨税优惠税率1。
普通税率：对于那些未与港口所在国签订相关优惠协定的船舶国籍，其船舶进入该国港口时，往往需要按照普通税率缴纳税费。如在中国港口，未与中国签订互惠条约或协定的国家或地区的船舶适用一般税率征税。
避免双重征税：如果两国之间存在避免双重征税的协定，对于船舶在对方港口的运输收入等，可能会规定只在船舶国籍国或港口所在国中的一方征税，以减轻船舶运营者的税收负担。如 1976 年中华人民共和国和波兰人民共和国之间互免予向对方的船舶所有的运输收入征税。
特定税种的豁免或优惠：某些国家可能会基于外交关系、贸易合作等因素，对特定国籍的船舶在本国港口免征或减征部分税种。如根据中国船舶吨税法，对于避难、防疫隔离、修理、改造、终止运营或者拆解，并不上下客货的船舶，不论其国籍，均免征吨税，但对于不同国籍的船舶在其他税种上可能会有不同的规定。
船舶国籍变更时，如何确保税收政策的平稳过渡？
不同船舶国籍在港口国的税收政策存在差异的原因是什么？
若船舶在他国港口违反了税收政策规定，会受到哪些处罚？
