当出口货物遭遇退运时，已办理的出口退税通常需要企业补缴，然后凭主管税务机关出具的《出口货物已补税 / 未退税证明》办理相关手续，具体处理方法和所需手续如下：
补缴税款：根据相关规定，已办理退税的出口货物发生退运，企业需向主管税务机关提出返纳已退税款申请，并按实际退运货物对应的已退税额补缴税款12。
冲减数据：适用免抵退税方式的生产企业，待税务机关出具《税务事项通知书》后，需在本月或次月申报免抵退税时以负数冲减原申报数据，核实结果填写 “已补税”；适用免退税方式的外贸企业，在补缴已退税款后，核实结果填写 “已补税”。
申请《出口货物已补税 / 未退税证明》：
填报申请表：企业应向主管税务机关申请开具《出口货物已补税 / 未退税证明》，申请时需填报《退运已补税（未退税）证明申请表》，并提供正式申报电子数据。
提交相关资料：通常需提供出口货物报关单、出口发票、税收通用缴款书原件及复印件等资料。部分地区可能还要求提供其他证明材料，如退运协议、情况说明等。
办理退运手续：企业需携《出口货物已补税 / 未退税证明》到海关申请办理出口货物退运手续，经海关确认后，对复运进境的原出口货物不予征收进口关税和进口环节海关代征税。
账务处理：企业需对退货相关的账务进行调整，冲减退运收入和成本，并对已退税款进行相应的会计分录处理，如借 “应交税费－应交增值税（出口退税）”“主营业务成本（消费税退税）”，贷 “银行存款”。
后续处理：
重新出口或退给供货企业：若企业将退运货物加工整理后更换相同规格型号的货物重新出口，或退给供货企业不再出口，可凭相关凭证到主管退税的税务机关申请办理 “出口商品退运已补税证明” 及 “进货退出及索取折让证明单”，冲减当期销售收入和销项税额2。
转为内销：若企业将退关退运的货物转为内销，则应持有关凭证到主管退税税务机关办理 “出口转内销证明单”，作为内销时进项抵扣凭证2。
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