菲律宾马尼拉港的海运清关流程主要有关键步骤如下：

清关前准备

• 文件准备：需准备齐全商业发票，详细标明货物的规格、数量、单价、总价以及供货方与收货方详细信息；装箱单，细致罗列每箱货物的包装细节与箱内数量；提单，作为货物运输的凭证；原产地证书，符合条件时可助企业享受关税优惠；以及其他可能需要的许可证或证明文件，如进口许可证、产品质量认证等2.

• 了解相关规定：深入研究菲律宾海关对各类货物的规定与政策，包括产品质量标准、进口税率档位、禁止和限制进口的物品清单等，确保货物符合要求，提前算好成本账.

• 选择合适的合作伙伴：挑选有丰富经验、良好口碑和强大实力的货代或物流供应商，以及信誉好、船期准、运力足的船公司，他们熟悉海运流程和清关手续，能更好地保障货物运输1.

货物申报

• 提交申报信息：在货物到达马尼拉港之前，货主或其代理人需向菲律宾海关进行货物申报，申报内容应包括货物品名、数量、价值、运输方式、目的地等详细信息2.

• 选择申报通道：根据货物的风险评估等级，海关会将货物分配到不同的查验通道，如绿色通道为低风险货物，一般无需物理查验或文件审查，清关通常需 1-2 天；黄色通道为中风险货物，仅进行文件审查，清关一般需 3-4 天；红色通道为高风险货物，需进行物理查验和文件审查，清关可能需 7 天或更长时间.

海关审核

• 文件审核：海关人员会严格审核提交的报关文件，对照政策条文、质量规范等，仔细甄别每一项申报内容，确保文件准确无误、完整且符合要求2.

• 货物信息审核：审核货物的合法性、安全性、真实性等方面，检查货物是否符合菲律宾相关法律法规的规定，如进口管制清单、出口管制清单等，是否存在虚假申报或欺诈行为2.

货物查验

• 确定查验方式：若海关认为有必要，会对货物进行现场查验，查验方式包括抽检或全查，查验内容包括货物的外观、品质、数量等，以确保货物与申报信息相符2.

• 配合查验：货主或其代理人应积极配合海关的查验工作，提供必要的协助和便利，如安排人员到场、提供装卸设备等2.

税费缴纳

• 税费计算：海关根据货物的价值、种类、数量等因素，按照菲律宾的关税政策和税率规定，计算出应缴纳的进口关税、增值税等税费.

• 缴纳税费：货主或其代理人需在规定的时间内，按照海关的要求缴纳相应的税费，可通过银行转账、电子支付等方式完成缴费2.

货物放行

• 审核通过放行：如果货物经审核和查验均符合海关要求，且税费已缴纳完毕，海关将正式放行货物，货主或其代理人可凭海关放行通知提取货物2.

• 后续监管：对于一些特定的货物或情况，海关可能会进行后续监管，如对进口的食品、药品等进行质量抽检，对涉及知识产权的货物进行侵权调查等.