渔业船员证书由渔业行政主管部门管理，管理体系更侧重于渔业生产作业相关规定。证书类别根据渔船作业类型划分，如捕捞渔船船员证书、养殖渔船船员证书等，对船员在渔业生产技能（如渔具操作、渔获物处理）方面要求较高。培训与考试内容围绕渔业法律法规、渔船安全操作、渔业生产技术等展开。而商船船员证书由海事管理机构管理，管理体系注重国际航运规则和海上交通安全法规。证书类别按船舶等级、航区、职务划分，对船员航海技术、船舶管理、国际海事法规等方面要求全面。培训与考试遵循国际海事组织（IMO）相关标准，在航海英语、船舶通信导航等方面要求相对渔业船员证书更高。
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