自由贸易协定签订后，涉及航运的法规在多方面发生演变。在市场准入上，放宽了成员国间航运企业相互进入对方市场的限制。例如，原本对外国航运企业设置的股权比例限制可能取消，允许对方企业在本国设立独资航运子公司，促进航运市场的竞争与资源优化配置。在航运服务方面，协定促使各国协调航运服务标准，简化船舶进出港手续。一些国家可能会统一港口收费标准，减少航运企业在不同国家港口面临的收费差异，提高通关效率。在货物运输规则上，可能会统一或简化跨境货物运输的相关法规，减少贸易壁垒，如对集装箱运输的海关查验流程进行协调，减少重复查验，促进贸易便利化。
